目前高等院校中的重点院校多为综合类院校，综合类院校可理解为多校区办学的，拥有多种学科的综合类大学。其形成方式有两种：一种是由多所老院校合并而成，一种是综合大学成立后又新设立了几个学院，但都不在同一校区。综合类院校虽然都初步建立了财务管理体系，但由于没有实现真正意义上的财务统一管理，财务管理体制仍是“校—院”两级、甚至是多级管理体制，管理层次较多，监管不利，相关管理制度和财经改革落实不到位，直接影响到综合大学的发展要求。
 
    一、综合类院校财务管理改革的必要性
 
    随着市场经济体制的逐步完善和后勤建设新目标的确立，经费管理过程中财权分散、分配与院校建设脱节、预算决策不科学、控制不严等问题愈发突出，大大制约了经费使用效益的提高。改革综合类院校经费管理体制，科学划分各部门的权限，理清各级各部门的业务关系，是适应全面建设现代后勤，提高经费使用效益的必然选择。
 
    （一）经费有限供给与无限需求之间的矛盾突出
 
    上级下拨的标准经费是综合类院校的主要经费来源，除按标准领报经费外，综合类院校还可申领一些专项经费，如专项实验室建设、“2110”工程建设等，但经费不多。此外，综合类院校每年还有一定数量的科技开发收入，相对教育培训收入额度而言，比重偏低。但其主要是人力资源投资，在综合类院校科研资源和力量相对集中、实力较强、项目来源较多的情况下，成本性开支占用不大，节余较为丰厚。综合类院校成立后，在教学规模和编制结构等许多方面具有特殊性，生长型培训员额多且基础合训任务繁重，继续教育任务重且层次多，学科横向分布广且综合交叉，教学科研人才及项目的流动性、合作性强，校区驻地也存在分散和偏远的现状。其特点决定了大学成立后无论从编制结构、学科建设、培训任务、硬件设施等方面较过去合并前的院校有着质的变化，保障任务和难度明显增大导致车辆维修、油料、通信、差旅、接待等经费消耗量大，需求大幅度增加。培训员额增加的同时，经费供应总量无论是横向同专业院校相比，还是纵向同合并前几家专业学院套用现行标准测算出的经费总合相比，增涨幅度反而有所下降；新增单位也没有单位经费领报标准，标准经费额度本身已满足不了实际保障需要，供应标准又相对偏低，经费供需矛盾十分突出。
 
    （二）预算编制与执行监控之间的矛盾突出
 
    随着预算编制改革的不断深入，院校经费预算编制逐步完善。新的预算编制制度，细化了预算内容，改进了编制方法，规范了编报程序，有利于加强宏观调控，优化经费结构，提高使用效益。然而，在预算的执行过程中，由于预算编制机构与执行机构的不分离，导致预算约束力差，预算执行不严，很多单位在经费使用和分配上随意性大。在预算监控上，各级财务部门作为预算执行的一级监控部门，由于其地位的双重性，导致预算监控职能弱化；各级审计部门作为预算执行的二级监控部门，由于其独立性差，导致预算监控流于形式和过程，监控乏力。经费预算执行有效控制与监督的缺失，致使很多单位资金、资产管理失控，经费支出“超标准、超范围、超预算”现象严重。大部分单位预算工作仍然停留在形式上，预算编制与执行监控之间的矛盾突出。因此，合理划分经费管理各职能部门之间的责、权、利，能够加大预算执行监控力度，促进预算管理的法制化、科学化进程，有利于缓解预算制定与执行监控之间的矛盾。
 
    （三）经费支出