目前，各地农业综合开发资金均实行了县级财政报账制核算。从实践情况看，实行“报账制”管理对于加强资金管理，提高项目资金使用效益，从源头上杜绝腐败现象起到了一定的作用。但是审计发现，县级财政报账制还存在以下问题：
 
    一、报账管理不到位
 
    一是财政管理人员力量不足，进而产生就账报账的应付局面。对一些报账资金没有实质性的管起来，报账管理只是流于形式，资金一拨了之，账一报了之。二是财政管理人员业务素质不能完全跟上，致使报账管理难以达到预期效果。受专业技能的限制，财政管理人员在项目建设方面缺乏经验，对项目进度、工程质量、项目操作规范等方面难以准确把握，因而使得报账制管理不深不透，结果就不能充分发挥县级报账制的意义和作用。三是报账监管不力，财务管理与项目管理脱节，往往使得工程项目钻了报账制的空子，假工程真报账问题未能彻底杜绝。
 
    二、报账收支不真实
 
    一是项目专项资金实施要求地方资金配套难兑现。目前多数省以上下达的专项资金项目，都要求地方按一定比例或数额配套。可是经济薄弱县本身就因财政困难而运转艰难，导致一些建设项目配套资金难以真正到位，致使项目中途夭折或偷工减料，无法保障项目实施达到预期效果。
 
    二是实行县级报账制，原始发票在县财政记账，项目承建单位失去了核算基础，会计基础资料失去了完整性。特别是报账中属于应列入固定资产的部分，核算既不全面，管理也形成脱节。
 
    三、报账核算不规范
 
    一是报账手续不齐全，报销单据不合规。项目报账只附有资金报账申请表，未附原始凭证和其他有效证明文件的复印件，直接形成以申请表和拨款单作为报账依据，形成以拨代支；部分发票不真实，从不同单位购置的不同货物，却是连续编号的税务发票。
 
    二是有的项目资金使用无预算，也有的主管部门与承建单位没有签定合同。项目实施实际需要多少钱，工程质量如何保证，没有一个合法合规的说法。
 
    三是没有建立起与报账制相互配套的会计核算制度和办法，五花八门，核算比较混乱。
 
    四是对形成资产的资本性支出和未形成资产的费用性支出未予分别核算、分别管理。
 
    五是实行县级报账制的范围较窄，报账内容不完整，有的只反映国拨项目资金部分，对自筹资金和地方配套资金部分未能纳入报账制管理。
 
    六是项目建设的后续管理未跟上，对资产的形