实施部门预算是我国财政支出管理方式改革的重要内容，也符合社会主义市场经济条件下预算编制改革的方向，对于完整反映政府活动的范围，提高政府通过预算实施公共政策的能力，优化地区公共资源配置，增强政府的宏观调控能力，具有十分重要作用。通过建立编制、执行、监督相互分离、相互制约的预算管理新模式，提高了公共资源配置效率和财政资金使用效益，但离公共财政框架下标准的预算编制要求还有较大差距，还有一些问题需要进一步深入调研加以解决。
　　一、部门预算编制的难点
　　一是认识不足，增大了部门预算编制的难度。部门预算编制就是将各部门单位的所有收入纳入预算范围，真正解决过去在财政性资金分配和预算编制过程中存在预算内外“两张皮”的弊端，彻底打破了创收收入“部门所有”、“谁收谁用”的旧模式。这必然要触及各单位、各部门的经济利益，自然会引起一些部门单位的抵触情绪，从根本上影响了部门预算的编制。
　　二是收支定额标准体系不健全。由于目前行政事业单位财务开支标准制度的相对滞后，使得大部分单位在执行过程中“超标”普遍存在，一些项目支出既缺乏可行性论证，又缺乏事中和事后的监控，加上资源调查核实基础数据不够准确真实，无法正确反映各部门正常消耗的实际水平，难以形成科学合理的经常性支出的定额标准，增大了建立科学合理的预算定额标准的可操作难度，很难形成科学、公平、合理的收支定额体系。
　　三是尚未从根本上解决预算内外资金“两张皮”的弊端。目前，在财政性资金分配过程中仍存在预算内外资金平行线现象，预算的编制仍侧重于预算内资金的分配，对预算外资金、政府性基金仍采用比较松散的核定办法，表面上虽然引入综合预算编制方式，单位的收入看似纳入了预算管理或财政代管，但实际上未对部门所有的财力进行“捆绑式”综合考虑，统筹安排，使收入从另一个渠道又流向了原预算单位，虚增收入基数，不能形成可调控的实实在在的财力。
　　四是没有真正实现单位收入所有权归国家、支配权归政府、管理权归财政的目标。各预算单位之间，由于其工作性质不同，收罚职能也存在很大差别，势必造成单位之间预算外收入差距悬殊过大，由于部门预算的编制没有彻底改变单位的利益分配格局，固化了单位的既得利益，因而部门之间支出水平苦乐不均、个人收入差距悬殊的现象仍然存在。
　　五是预算编制仍显粗糙。从目前来看，由于县乡财政部门财力安排工资性以外的支出寥寥无几，再加上不确定因素增多，因而预算编制的时间往往集中于本年度的1至2月份，在短短的两个月时间内