1、学习制度。农村工作指导员要坚持学习邓小平理论、“三个代表”重要思想、党的十六大和十六届三中、四中全会精神，学习党在农村的各项方针政策，学习与农村经济社会发展密切相关的市场经济、法律、科技文化等方面的知识，不断提高理论、政策和工作水平。党员农村工作指导员要认真参加派驻村党组织生活和学习活动，指导村级党组织抓好党员的教育培训。农村工作指导员要将所驻村干部和群众的思想教育作为一项重要工作。
    2、目标管理制度。每年初，农村工作指导员要根据所驻村的实际情况，定当年为群众办的实事，定为群众解决的热点、难点问题，向群众做出承诺，经乡镇党委审批后组织实施;年底向群众“交帐”，由村民对乡镇领导班子、村干部、农村工作指导员及其派出单位的工作进行评议。对农村工作指导员的工作情况由市、县（区）组织部门进行考核，考核结果记入个人档案，同时与派出单位的年度目标考核挂钩，“捆绑”考核。
    3、定期汇报工作制度。农村工作指导员要积极主动地向乡镇党委请示、汇报工作，同时应坚持每月向派出单位汇报一次工作，以争取派出单位的支持；每季度向县（区）领导小组办公室汇报一次工作，反映存在的困难、问题和建议