第一，水资源承载力问题。长江流域虽然水资源丰富，但也经不起无节制地开发利用。长江流域水资源承载力到底有多大，对这个问题我们研究得还很不够。因此，“十一五”规划首先要研究透这个问题，否则，整个水利建设的布局就无从谈起。在摸清楚水资源家底的基础上，要对水资源配置有一个初步的说法。所谓配置，也不是计划经济下的“一平二调”，要按照市场机制来进行，不能无偿调用一个流域的水资源。如果大家头脑里都没有经济的概念，调水越多，越助长资源配置不公，也会助长资源浪费。而按照市场机制来配置，一个最根本的前提是要明确水权。现在，我们在这方面的工作可以说还没有起步。许多同志总是对长江流域要不要搞初始水权的分配有犹豫。现在不能犹豫了，要抓紧开展工作。明确初始水权受到很多因素影响，有现状因素，有经济发展战略的要求，有节水行为的影响，更有这个流域最大可用水量的制约。在确定经济社会发展对水资源的需求时，要把节水考虑进去。例如，我们不能为了满足你那个地方粗放经济的发展，而去满足你对水资源的要求。这就需要我们进行科学分析，确定一个水资源量。当然，具体确定初始水权时是一个讨价还价的民主协商过程，最后，还需要流域机构进行协调，由上级政府进行裁决。

第二，生态环境承载力问题。长江治理开发不能破坏生态，因此，在水资源开发利用上，首先是要维持河流自身的生态需水量，这是生态系统健康的基本条件。生态需水量包括河流基本生态环境需水量，即维持河流系统最基本的生态环境功能所大秘书需要的最少水量；包括河流输沙排盐需水量，即维持河流形态和盐分的动态平衡，在一定输沙、排盐要求下所需的水量；还包括湖泊洼地生态环境需水量，即维持湖泊洼地水体功能而消耗于蒸发的水量。生态需水与河流流量变化高度相关，美国1978年在估计每一个水资源分区内水生生物用水量时，以分区河流出流点的月流量作为判断，提出评判标准：（1）河道内径流为多年平均值的60％，这是为大多数水生生物提供优良至极好栖息条件所推荐的基本径流量；（2）河道内径流为多年平均值的30％，这是保持大多数水生生物有好的栖息条件所推荐的基本径流量；（3）河道内径流为多年平均值的10％，这是大多数水生生物短时间生存条件所推荐的瞬时径流量