2009年11月16日，中共中央组织部、中央深入学习实践科学发展观活动领导小组办公室联合发出通知，要求在深入学习实践科学发展观活动中进一步推动建立健全非公有制经济组织党组织工作。前三季度，非公有制经济在全国大部分地区的gdp中所占比例已超过60％，部分经济发达省份这个比例更高，非公有制经济俨然已成为推动我国经济发展的主力军。然而与非公有制的经济发展速度不相适应的是，其党组织建设较为滞后，全国范围内很多符合条件的非公有制经济组织并没有成立党组织。党中央的高度重视将非公有制经济组织党组织的建设推到了史无前例的重要位置，在当前学习实践科学发展观的形势下，非公有制经济组织应把握时机，努力促进党组织的建立健全，切实发挥基层党组织的战斗堡垒作用。
 
    近十年来，非公有制经济组织中的党组织建设工作取得了一定的成就，同时我们应看到其发展的力度仍然不够，党组织在非公有制经济中的覆盖面还不够广。从全国范围来看，目前党组织在非公有制经济组织中的建设主要有以下方面的问题：
 
    第一，部分非公有制经济的经营者对在其组织中建立党组织的认识不够全面。一方面他们希望得到法律的保护，拥有一个公平的竞争环境，另一方面他们对在企业内部建立党组织依然存在各种担忧和戒备心理。他们担心建立党组织会妨碍日常经济活动，削弱经营者的权力；担心党务人员会以“钦差大臣”自居，干预企业的正常生产经营活动；担心党组织开展活动会影响生产秩序。这些都制约着党组织在非公有制经济中的建设。
 
    第二，部分党务工作者的素质不高、工作方法不科学。由于缺乏明确的规定以及相关经验，许多非公经济组织中的党务人员对于如何在非公经济中开展党组织活动并不明确，仍然采取以前国企以及集体企业的老方法，不按实际开展工作，一定程度上影响了企业的正常生产，造成了企业主的忧虑。
 
    第三，非公经济组织中党组织的家族化倾向严重，特别是在个体以及私营经济组织中。党组织中的关键职位都由私营业主的亲戚朋友把持，党委会议变成了“家庭会议”，久而久之，党组织起到的作用微乎其微。同时由于这些成员身份特殊，带来了党组织管理困难，党内民主无法正常开展等