法律法规不衔接
政府采购是一种按照市场规律进行的行政强制行为，是一项涉及采购活动监督管理部门、采购机构（包括集中采购机构、其他采购代理机构）、采购人、专家评委和采购供应商等方方面面的系统性改革工作。

　　《政府采购法》从其立法宗旨和政策取向开始就具有很强的行政法律特征，而《招标投标法》更多的是调整民事关系，《政府采购法》与《招标投标法》就法律所调整的范围和内容，甚至对货物服务和工程的定义、违法行为的处罚等都有差别。

　　《招标投标法》第二条规定，国内所有招标投标活动都适用该法，但从第三条开始则又主要适用于工程建设项目。《政府采购法》第二条规定：“使用财政性资金采购货物、工程和服务的行为，适用本法。本法所称工程，是指建设工程。”虽然第四条规定“政府采购工程进行招标投标的，适用招标投标法”，但按照采购法第十三条规定：“各级人民政府财政部门是负责政府采购监督管理的部门，依法履行对政府采购活动的监督管理职责”和第五十五条“质疑供应商对采购人、采购代理机构的答复不满意，或者采购人、采购代理机构未在规定的时间内做出答复的，可以向同级政府采购监督管理部门投诉”，与国家发改委等七部门根据国务院规定发布的《工程建设项目招标投标投诉处理办法》第四条“对国家重大建设项目（含工业项目）招标投标的投诉，由国家发展改革委员会受理并依法做出处理决定”发生矛盾和冲突。由发改委立项批复但属于政府采购范围内的项目基本都是发改委在监督管理，甚至变更采购方式的批准也由发改委进行审批。法律之间的矛盾、政出多门的结果就是政府采购无法按统一的法律依据进行，招标代理机构在招标投标活动的具体组织过程中很难适从，投标人在投标过程中困惑重重，影响了制度的统一性。

　　预算体制不配套

　　由于财政预算体制还处于改革当中，当前部门采购预算的申报、批准和下达体制尚未达到现代公共财政管理要求和政府采购管理要求。一是财政体制尤其是预算管理体制的配套改革不到位，还存在部门采购预算编报申报、财政批复下达预算不够科学合理，采购时以财政下达资金的预算数额决定并临时制定采购标准等不符合政府采购管