目前，我国总分支机构税收征管所涉及的政策规定主要有：《增值税暂行条例》及其实施细则、《中华人民共和国企业所得税法》及实施细则、《关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）、《关于进一步加强汇总纳税企业所得税管理的通知》（国税发[2000]185号）、《关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》（国税函[2002]802号）、《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）、《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法的通知》（国税发〔2008〕28号）等。这些规范性文件虽然对总分支机构的纳税问题做出了具体规定，但由于总分支机构管理的复杂性，征纳双方容易发生争议。本文通过对总分支机构征管中存在问题的分析，探讨管理对策，并提出审计思路。
　　一、总分支机构税收征管中存在的问题
　　1、纳税人税法遵从意识不强  自身重视程度不够
　　主要表现有：①不主动及时办理税务登记手续；②办理税务登记后不申报纳税，或者虽申报纳税但申报信息不真实；③一些总机构利用自身的财务人员或与税务代理所、会计师事务所等中介机构合谋，针对税收征管漏洞，为其总分支机构经营进行不合理的纳税筹划，以达到少缴税或不缴税的目的；④造假账或者进行账外经营，甚至由分支机构直接向购货方收取货款，并截流提成款，私设小金库，直接造成税款流失；⑤不按规定提供“总机构已汇总纳税的证明”等。
　　2、税务机关日常监管不力  管理重视程度不够
　　主要表现为：分支机构所在地税务机关忽视分支机构的税源潜力，管户人员缺位，日常监管措施薄弱，不能经常、有效地对分支机构实施实地巡查，对分支机构是否实际从事生产经营、是否存在涉税异常变化等具体情况不清楚；而总机构所在地税务机关也难以全面掌握分支机构的真实经营状况，管理上是“有心无力”。
　　3、征纳税双方信息不对称  税收管理处于被动地位
　　一是设立环节，分支机构遍布各地，是否按规定办理税务登记并纳入属地管理是分支机构税源管理的薄弱环节。空挂、失踪或下落不明的分支机构数量多，且“消亡”得比较随意，管理部门对其缺乏约束、缺少制约，分支机构管理呈现随意性。尤其是在异地设立生产车间而不办理证照登记的分支机构“黑户”更是难于控管。
　　二是经营环节，税务机关难以掌握纳税人异地移送货物的真实经营情况，在信息掌握不全面的情况下，难以区分判断，进而确定其销售收入的真实性。
　　三是注销环节，一些“挂名”的分支机构，其与总机构间是“松散型”联系，总机构松散管理甚至是不进行管理，这些分支机构是否建账、纳税、购票等，总机构均不过问。部分分支机构在申请办理注销税务登记时，自身不建账，带来管理上的漏洞。
　　4、税法尚待进一步明确  税收管理缺乏有效措施
　　一是对分支机构资料管理缺乏明确规定。二是对分支机构的具体问题难以有效掌管。主要包括分支机构资金物流的真实状况、总分支机构间转移流转税税负、控制所得税税负问题等。三是对分支机构提供的汇总纳税证明亟须进一步加强管理。现行的汇总纳税证明填写的项目较少、内容不多，不能提供税收征管所须的足够信息。对汇总纳税证明的真伪情况，也有必要采取措施予以核实。
　　5、缺乏有效信息共享机制  部门协调不力
　　一是目前使用的税收征管软件还难以对征管信息进行全面处理；二是国税与地税之间、总分机构所在地税务机关之间、税务与银行海关工商等部门的信息共享机制尚未建立，无法及时有效互