据了解，自国家税务总局2007年初下发《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》后，两年多来，绝大多数省市能够严格按照国家税务总局要求进行土地增值税的清算，取得了良好的效果，但也有极个别地区清算工作几乎没有任何进展，其主要原因就是在这个地区几乎所有的房地产企业均采取“核定征收”的方法来征收土地增值税。
　　核定征收土地增值税做法存在以下弊端：一是核定征收率偏低，造成税款流失。目前采取核定征收率征收土地增值税的地区，大多数把征收率确定为销售收入的1%～3%之间。按照《土地增值税暂行条例》（以下简称“《条例》”）规定，土地增值税采取按增值额的超率累进税率征收，最低一档税率为30%，计税依据为增值额。如果按照上述征收率倒推得出土地增值税的增值额占销售收入的比例大致为3.33%～10%之间，这样一来，增值率高的纳税人就会因为核定征收而少缴税款，造成大量税款流失。
　　二是改变了计税依据和税率，土地增值税的特殊调节功能丧失。我国开征土地增值税的主要目的是：规范土地、房地产市场交易秩序，合理调节土地增值收益，维护国家权益。
　　它设置的主要原则是对转让房地产的增值收益征税，在房地产转让环节计征，增值多的多征，增值少的少征，无增值的不征。着重于调节转让房地产的过高收益，抑制房地产投机、牟取暴利的行为，保护从事正常房地产开发的房地产商的合法权益。因此，我国规定土地增值税的计税依据是房地产转让的增值额，税率是超率累进税率，以实现土地增值税的特殊调节功能。但是，在整个地区“一刀切”地对房地产企业采取核定征收率的方法征收土地增值税，房地产企业都按“销售收入”乘以“征收率”缴纳土地增值税，形成了事实上的把计税依据由增值额变为销售额，把超率累进税率变为了固定比例税率，把不易转嫁税负对收益环节征收的调节税转变为易于转嫁税负的流转税，土地增值