信用社实现电子化处理后，原来的手工控制变为手工与电脑控制相结合或全部由电脑自动进行控制。电子化数据处理集中，且大多集中在一个部门，传统的内部控制大多数已失去了作用，很容易出现差错和舞弊。目前计算机在信用社的广泛使用，与技术管理相对薄弱和稽核监督的长期空白已形成了尖锐的矛盾。计算机系统风险控制能力差的问题，迫切需要我们加强风险管理和监控。
　　审计稽核面临新难题
　　（一）在信用社电算化的应用过程中，特别是县联社和基层信用社，审计部门难以做到对计算机应用过程的全面跟踪审计。审计部门、业务部门和计算机管理部门三者之间因分工不同，各自的职能作用发挥不一。其中职能作用发挥最受限制的是审计部门。目前在县联社的信息系统稽核中，稽核部门出于这样一种现状，因各种业务处理应用软件的来源由上级管理部门统一下发使用，软件的开发审核由上级审计部门完成。在使用上业务系统的运行和管理工作集中于业务部门，设计及软件设计的维护、开发、调试由计算机管理部门来完成。但是审计稽核部门的技术力量薄弱，不熟悉业务系统的流程和功能，对信息系统缺乏必要的认证能力和标准，在对信息系统的审计方面形成了空白区。
　　（二）在对信息系统实施稽核审计的过程中，技术手段落后、风险管理措施不力。一是实施审计稽核的手段和方法没有得到及时更新，不适应信息系统管理的要求，大部分仍停留在手工审计阶段。二是审计稽核部门对计算机账务系统实施审计的依据仅依赖于被审计单位提供的打印资料或事后资料，对于以此为介质形式表示的计算机账务数据往往束手无策，计算机账务的真实性审计很难得到保证。三是现行的审计工具不利于对业务管理系统进行有效的监控。对计算机账务的审计，比较有效的方法是通过相应的配套审计软件对业务处理系统进行监控